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肿瘤生物学

蓝勋

清华大学亚博全站手机网页登录助理教授

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开发组学算法研究肿瘤基因表达调控和基因组演化的机制

蓝勋教授2005年7月获中国海洋大学学士学位。之后在俄亥俄州立大学生物医学专业学习,主要开发大规模组学数据的分析算法,通过数据分析研究癌症表观遗传学以及癌细胞基因表达调控,于2012年6月获博士学位。毕业后在斯坦福大学进行博士后研究,开发人群大数据组学的分析方法,研究基因表达的演化。 2017年9月成为清华大学亚博全站手机网页登录和清华-北大生命联合中心研究员,主要从事癌症无创组学早筛及癌症免疫疗法的机制和应用研究。2018年进入中央组织部千人计划青年项目,并在Science、PNAS、Nature Cancer、Cancer Cell、Cancer Research、Nature Communications等杂志上发表论文。

挖掘肿瘤组学数据,发现肿瘤标志物和免疫逃避机制,开发肿瘤早筛和免疫治疗新方法

蓝勋教授一方面运用种群遗传学和生物信息学方法研究癌症基因组的演化,尤其是癌细胞免疫逃避的机制,并利用机器学习、深度学习等模式识别算法开发以患者遗传背景为依据的个体化肿瘤诊断和预后系统;另一方面利用酵母中定向进化改造免疫细胞,增进其对癌细胞的敏感性和特异性,从而提高免疫疗法的疗效。主要研究包括:

· 利用血液游离DNA的染色体开放区间信息检测早期胃癌,已申请专利并开展临床试验。

· EGFR突变的肺癌对免疫检查点抑制剂响应率极低,我们研究发现BMP信号通路激活可以导致EGFR突变肺癌模型的免疫微环境被抑制,形成冷肿瘤,抑制BMP信号可以激活免疫系统杀伤肿瘤。已申请专利。

· 利用酵母展示系统高通量筛选可以识别肿瘤特异性新抗原的T细胞受体,已申请专利。

1.Jingzhe Lu, Xu Wang, Keyong Sun, Xun Lan, Chrom-Lasso: a lasso regression-based model to detect functional interactions using Hi-C data, Briefings in Bioinformatics, 2021;, bbab181

2.Yang, N., Ji, F., Cheng, L. et al. Knockout of immunotherapy prognostic marker genes eliminates the effect of the anti-PD-1 treatment. npj Precis. Onc. 5, 37 (2021). https://doi.org/10.1038/s41698-021-00175-2

3.Harpak, A.*, Lan, X.*, Gao, Z., and Pritchard, J. K. (2017) Frequent nonallelic gene conversion on the human lineage and its effect on the divergence of gene duplicates. PNAS 114 (48) 12779-12784.

4.Lan, X.#, & Pritchard, J. K.# (2016) Long-term survival of duplicate genes despite absence of subfunctionalized expression. Science.

5.Lan, X., Witt, H., Katsumura, K., Ye, Z., Wang, Q., Bresnick, E.H., Farnham, P.J. and Jin, V.X. (2012) Integration of Hi-C and ChIP-seq data reveals distinct types of chromatin linkages. Nucleic Acids Research, 40 (16), 7690-7704